В титрах фильма указано два режиссёра — Иван Иванов и Юрий Мороз. На самом деле история с режиссёрами «Апостола» закручена вполне в духе этой шпионской саги… Первым к съёмкам приступил Геннадий Сидоров. Он снял около девяти серий из двенадцати и был отстранён от работы из-за конфликта с продюсерами. По требованию режиссёра вместо его фамилии в титрах и стоит вымышленный Иван Иванов.
Продолжил работу режиссёр Николай Лебедев — взяться за сериал его уговорил Евгений Миронов, с которым когда-то они познакомились на съёмках триллера «Змеиный источник». Свою фамилию в титрах Лебедев попросил не указывать — по договоренности с Сидоровым и потому что не считал этот фильм своим. Параллельно с Лебедевым к работе подключился третий режиссёр — Юрий Мороз, который и довёл сериал до конца.
Предлагали встать за режиссёрский пульт и исполнителю главной роли Евгению Миронову, но тот отказался. Хотя его можно считать художественным руководителем, так как актёр загорелся этой историей ещё на этапе идеи, которая возникла у сценариста Олега Антонова. Он ездил выбирать натуру для съёмок, участвовал в отборе актёров и решал некоторые организационные вопросы. Ближе к концу съёмок Миронов работал над сериалом уже почти наравне с режиссёром Юрием Морозом.
В «Апостоле» Евгений Миронов сыграл братьев-близнецов с диаметрально противоположными характерами и судьбами. Пётр — вор, прошедший спецподготовку в немецкой школе диверсантов, Павел — скромный учитель и примерный семьянин. После гибели первого от рук контрразведки, НКВД принимает решение перевоплотить интеллигентного очкарика в матёрого уголовника и отправить к немцам в качестве шпиона. Актёру приходилось постоянно «переключать» себя между братьями и в результате сыграть целых три образа — учителя, уголовника и учителя, выдающего себя за уголовника…
Для того, чтобы сыграть уголовника Петра, Евгению Миронову пришлось изучить книгу с лагерными и воровскими выражениями. Актёр рассказывал, что с настоящими ворами-медвежатниками ему не удалось пообщаться, но «конкретных» ребят он нашёл. Один из них подарил герою Миронова песню: «Отец мой Ленин, а мать Надежда Крупская…», другой — сделал фиксы. Отчасти Пётр был списан и с родного дяди актёра, который с юных лет сидел по тюрьмам. В какой-то момент работы над ролью Миронов начал опасаться, что такого залихватского урку могут просто не пустить на экран!
Помимо изучения «фени», Евгению Миронову пришлось брать уроки бокса и самбо, а также прыгать с парашютом. Во многих сценах актёр работал без дублёра, например, в сцене с захватом поезда он сам на ходу прыгал по крышам вагонов. В одной из сцен Миронову надо было бросить гранату в вагон и отпрыгнуть в сторону. На репетициях всё было как надо, а на съёмках чуть не случилось ЧП — актёр бросил гранату, из вагона полыхнуло, но пиротехники не учли силу ветра… Когда Миронов повернулся к съёмочной группе, то все чуть не попадали — актёру спалило волосы! В дальнейшем над его причёской пришлось трудиться гримёрам.
Капитана НКВД, который руководил операцией «Апостол», сыграл Николай Фоменко. Он был давним другом сценариста сериала Олега Антонова и получил предложение сняться ещё во время написания сценария. Тогда актёр отказался — было много работы помимо кино, но обстоятельства повернулись так, что к началу съёмок все проекты закончились, и Фоменко позвонил Антонову… Роль оказалась ещё свободна. Актёру было интересно работать над серьёзной ролью, а вот многих его участие в сериале удивило — у Фоменко всегда было комедийное амплуа. Для того, чтобы выглядеть более фактурно и внушительно, Фоменко специально набирал вес.
Съёмки сериала шли в Праге, Москве, Тунисе, Серпухове, Франции, Минске и в Вологодской области. Прага «играла» Берлин, Минск стал военной Москвой, застенки «Лубянки» были в госпитале им. Бурденко, а в музейной части Кирилло-Белозерского монастыря Вологодской области снимали абвершколу. По сюжету там нужен был взрыв, но на монастырской территории любые пиротехнические сцены снимать было нельзя. Взрывать ушли на берег озера — там подожгли 60 литров солярки, и они рванули так, что в округе включились сигнализации у всех машин и сбойнули мобильные телефоны. За монастырским забором ассистенты режиссёра раскидывали по ветру пух и перья из распотрошённых подушек, чтобы эффектно снять разлетевшихся от взрывной волны кур. Отдельно сняли героев, забросанных землёй, а уже потом на монтаже все кадры соединили и получилась зрелищная сцена. Заключительная часть снималась в Тунисе — по сюжету это был Иран.
